Solo un 5%-7% de pacientes con endocarditis que no han tomado antibióticos recientemente tienen hemocultivos negativos. Los principales microorganismos causantes de endocarditis con hemocultivos negativos son las especies Abiotrophia (antes denominadas estreptococos nutricionalmente deficientes), Bartonella, Coxiella Burnetti, grupo HACEK, Clamydia, Legionella, Brucella y hongos (cándida, histoplasma y cryptococo). La mayoría de estos microorganismos se detecta con pruebas serológicas, con incubación prolongada de los hemocultivos, con subcultivos o con cultivos en medios especiales.