Dicha profilaxis es improbable que prevenga muchos casos de endocarditis y debe restringirse a los pacientes con alto riesgo de infección (portadores de prótesis o con ciertas cardiopatía congénitas). Las bacteriemias ocasionales debidas a actividades cotidianas como mascar chicle o cepillarse los dientes causan endocarditis con mayor probabilidad que las bacteriemias secundarias a intervenciones dentales.
Hay que poner el énfasis en la salud bucodental en pacientes con cardiopatías predisponentes.

Se debe dar profilaxis en los procedimientos dentales que impliquen manipulación del tejido gingival o de la región periapical del diente en pacientes trasplantados con valvulopatía, portadores de prótesis valvulares, enfermos con antecedentes de endocarditis, pacientes con cardiopatías cianóticas no reparadas, con shunts o conductos paliativos, con cardiopatía congénitas reparadas con material protésico y con dispositivos (en los 6 primeros meses posimplantación).

Wilson W, Taubert KA, Gewitz M, et al. Prevention of infective endocarditis guidelines from the American Heart Association. A guideline from the American Heart Association Rheumatic Fever, Endocarditis, and Kawasaki Disease Committee, Council on Cardiovascular Disease in the Young, and the Council on Clinical Cardiology, Council on Cardiovascular Surgery and Anesthesia, and the Quality of Care and Outcomes Research Interdisciplinary Working Group. Circulation 2007. DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.106.183095. En: http://circ.ahajournals.org.